Az ártatlanság múzeuma sokkal bonyolultabb annál, semhogy egyetlen szóval megjelölhetném a témáját. Attól függően ki, milyen céllal, milyen okból és milyen élettapasztalattal veszi kézbe, a regényt egyaránt értelmezhetjük az ártatlanság, a szerelem, a csalódás, a boldogság, az élet értelmének keresése, a család, vagy éppen az írás művészetének könyveként.