Benedek Elek Kisbaconban született 1859. szeptember 30-án (a település akkor Udvarhelyszékhez tartozott, ma Kovászna megye része). Édesapja Benedek Huszár János, édesanyja Benedek Marczella volt. Gazdálkodó székely katonacsaládból származott, ősei a lófő, illetve gyalogkatona rendhez tartoztak.
Elemi tanulmányait a kisbaconi falusi iskolában kezdte. Alig nyolc évesen íratták be a székelyudvarhelyi református kollégiumba, életútjának ez a fordulata egybeesett az osztrák–magyar kiegyezés történelmi momentumával, amely a Bach-korszak lezárását jelentette. Az Udvarhelyen töltött diákévek mély nyomot hagytak az íróban. A gimnázium nyolc osztályának elvégzése után ugyanott érettségizett.
1877 és 1881 között a budapesti egyetem bölcsészkarán tanult magyar–német szakon, majd filozófiát is hallgatott, de végül nem diplomázott le, inkább az újságírói pályát választotta. Már egyetemi évei alatt versei jelentek meg az Üstökösben.
Ballada- és népmese-gyűjtését megmutatta Gyulai Pálnak, aki felolvasott belőlük a Kisfaludy Társaságban. Így népköltészeti gyűjtésének anyaga Kriza János, Orbán Balázs és Sebesi Jób gyűjtésével együtt a Magyar Népköltési Gyűjtemény harmadik részeként megjelenő Székelyföldi Gyűjtés című kötetben napvilágot látott 1882-ben.
1881-től a Budapesti Hírlap munkatársa lett. 1884-ben megnősült, Fischer Máriát – a későbbi Mari nénit – vette feleségül. 1885-ben adták ki első számottevő könyvét, a Székely Tündérországot. 1886-tól az Ország-Világ szépirodalmi lap szerkesztője lett. Többek között Ambrus Zoltán, Bródy Sándor és Vajda János voltak a munkatársai.
1887-ben vette kezdetét viszonylag rövid ideig tartó politikai karrierje: a kormányon lévő, Tisza Kálmán-féle Szabadelvű Párt színeiben indult a nagyajtai választókerületben. Első képviselőházi beszédében a magyar gyermekirodalom és könyvkiadás terén uralkodó áldatlan állapotok ellen emelt szót. 1892-ben már Apponyi Albert ellenzéki Nemzeti Pártjának tagjaként indult a választásokon, de sikertelenül. 1902-ben véglegesen szakított a politizálással.
1889-ben gyereklapot indított Pósa Lajossal Az én újságom címmel. Ez a lap mérföldkőnek számít a magyar ifjúsági lapok történetében, és meghatározta a következő évtizedek idevágó törekvéseit is. 1894-ben újabb folyóiratot indított: a Nemzeti Iskolát tíz éven át szerkesztette, a magyar közoktatás ügyének jelentős fórumává alakítva. Sorrendben a következő általa indított lap, a Magyar Kritika Benedek Elek rendkívüli sokoldalúságát és ambícióját bizonyítja. Ennek a kiadványnak többek között Osvát Ernő is munkatársa volt.
1894 és 1896 között újabb könyvei jelentek meg, több műfajban is kipróbálta magát. A Huszár Anna nyitotta lányregényei sorát. Ugyanekkor jelent meg a kortársak körében nagy visszhangot kiváltó műve, a Testamentum és hat levél, majd monumentális mesegyűjteménye, a Magyar mese és mondavilág öt kötete.
1896-ban kezdte meg a kisbaconi ház építését, mintegy megelőlegezve későbbi végleges hazatérését szülőföldjére.
A századforduló közeledtével egyre nehezebbé vált a székelység helyzete, nagy méreteket öltött az elszegényedés és ennek következtében a kivándorlás. Éppen ezért Benedek Elek örömmel mondott igent 1901-ben Győrffy Gyula felkérésére, hogy a székely kérdésről írjon cikkeket a Magyarság című lapba. Kritikai hangvételű írásai azonban nem arattak tetszést a hatalom képviselőinek körében, 1902-ben már véget is ért a lappal való együttműködése. Mi több, nem hívták meg az 1902. augusztus 28-i tusnádi Székely Kongresszusra sem. Még ugyanabban az évben új lapot indított Földes Gézával Magyar Világ címmel, ez azonban anyagi nehézségek miatt már egy év múlva megszűnt, és utolsó cikkében Benedek Elek már egész újságírói karrierjét „eltemette”. Ennek ellenére 1907-ben, Apponyi Albert kultuszminiszter felkérésére még elvállalta a Néptanítók Lapjának szerkesztését.
1909-től ismét egy gyerekeknek szóló lapot, a Jó Pajtást szerkesztette, Sebők Zsigmonddal együtt. Sebők 1916-ban bekövetkezett haláláig társszerkesztője, utána főszerkesztője volt a lapnak, egészen 1923-ig, amikor a Cimbora kedvéért lemondott a Jó Pajtásról.
Az első világháború évei alatt Budapesten élt családjával. 1919-ben felesége beteg gyermekükkel, Jánossal hazatért Kisbaconba. 1921-ben Benedek Elek is végleg hazaköltözött szülőfalujába. Fogadalma szerint egy esztendeig nem mozdult ki portájáról, de lassan mégiscsak bekapcsolódott az újjászerveződő erdélyi magyar irodalmi életbe: 1922. július 31-én beszédet mondott a Segesváron rendezett Petőfi-emlékünnepségen, és cikkezni kezdett a Keleti Újságban.
Az Égető Árpád baróti nyomdájában napvilágot látó Én naptárammal kezdte meg itthoni szerkesztői munkásságát, majd 1923-tól kezdetét vette a Cimbora küzdelmes története. Közben bekapcsolódott a Kós Károly, Nyírő József, Szentimrei Jenő nevével fémjelzett Kaláka társaság munkájába. A falvakat járták, hogy a legmostohább helyzetű magyar településekre is eljuttassák a magyar irodalmat és kultúrát. Főszerkesztője lett a Vasárnap című lapnak, amelyet a Kaláka tagjai alapítottak. Ebben a helyzetben gyakorlatilag üllő és kalapács közé került a konzervatívok és baloldaliak csatározásában. Ilyen körülmények között a Vasárnap, amely később a Vasárnapi Újság címet vette fel, nem tudott hosszabb ideig fennmaradni.
Életének utolsó éveit teljes egészében a Cimborának szentelte. Egyre nyomasztóbb anyagi gondok között küzdött a lap életben tartásáért, miközben irodalmi és nem irodalmi polémiák kereszttüzében is helyt kellett állnia. Végül 1929-ben a Cimbora kilátástalan helyzetbe került.
Benedek Eleket 1929. augusztus 17-én, levélírás közben érte végzetes agyvérzés. Utolsó leírt mondata szállóigévé vált: „Fő, hogy dolgozzanak…”.
Augusztus 20-án helyezték örök nyugalomra a kisbaconi temetőben feleségével együtt, aki – korábbi fogadalmukat megtartva, miszerint egyikük sem fogja túlélni a másikat – férje halálát követő napon öngyilkos lett. Temetésükre hatalmas tömeg gyűlt össze: a helybeli lakosság, a rokonság mellett a közélet neves személyiségei is nagy számban jelen voltak.