Mario Vargas Llosa a perui Arequipában született 1936-ban. Szülei elváltak, amikor ő még csak egy éves volt, Llosa az anyjával előbb Bolíviába, majd a perui fővárosba, Limába költözött. Középiskolai tanulmányait Peruban végezte: előbb a fővárosban járt egy katonaiskolába, majd egy észak-nyugati gimnáziumban tanult. 19 éves korától jogot és irodalmat hallgatott a limai San Marcos Egyetemen, de a diplomát a Madridi Egyetemen szerezte meg 1959-ben. Szintén a spanyol fővárosban doktorált 1971-ben. Doktori disszertációját példaképéről, Gabriel García Márquezről írta, ez később könyv formájában is megjelent.
Peruban az egyetemi évei alatt újságíróként dolgozott, és társszerkesztője volt a Literatura című irodalmi folyóiratnak. Az egyetemi diploma megszerzését követően Franciaországba költözött, ahol a France Presse és a francia rádió spanyol osztályának munkatársaként dolgozott, és Párizsban spanyolt tanított. 1970-1975 között Barcelonában lakott, ebben az időszakban dolgozott doktori disszertációján. 1977-ben a Nemzetközi PEN Klub (az írók nemzetközi egyesülete) elnökévé választották, 1980-ban pedig Japánba utazott, ahol különböző egyetemeken tanított. 1990-ben indult a perui elnökválasztásokon, sőt, a választások első számú esélyesének számított, de vereséget szenvedett.
Még csak 16 éves volt, amikor első drámáját, a La huida del Incát bemutatták. Első novelláskötete 1959-ben jelent meg, első regénye 1962-ben látott napvilágot. A város és a kutyák meghozta számára a széles körű nemzetközi elismerést. A regény cselekménye a perui társadalom válságos világát szimbolizáló limai katonaiskolában játszódik. 1966-ban adta ki második regényét, A zöld palotát. Ebben átfogó képet fest a perui társadalomról, és rávilágít a fehérek és a dél-amerikai indiánok világa között tátongó szakadékra. A következő évben jelent meg a Kölykök c. novelláskötete; 1973-ban jelent meg a Pantaleón és a hölgyvendégek c. regénye, melyből 1976-ban saját maga rendezett filmet. Az 1990-es elnökválasztáson való részvételéről szóló keserű visszaemlékezéseit 1993-ban jelentette meg Egy hal a vízben címen. Újabb regényei közül 2000-ben látott napvilágot A kecske ünnepe, mely egy diktatúra hétköznapjairól fest borzongatóan eleven képet. 2010-es regénye, A kelta álma az ír születésű Roger Casement életét dolgozza fel, aki két évtizedet áldozott arra, hogy feltárja II. Lipót belga király gyarmattartó hatalmának kegyetlenségeit az afrikai országokban. A könyv spanyolul és angolul 2010. november 3-án jelent meg, a magyar kiadás 2011-ben került a könyvesboltok polcaira az Európa Könyvkiadó gondozásában.
Llosa kétszer nősült: először 1955-ben, még 19 éves korában, ekkor egy 13 évvel idősebb nőt, anyai nagybátyjának sógornőjét vette feleségül. Házasságuk 1964-ig tartott. Házasélete történetét később az 1977-ben megjelent Júlia néni és a tollnok című regényében dolgozta fel. A regényhez 1983-ban Julia Urquidi is megírta saját válaszát, mely Amit Varguitas nem mondott el címen jelent meg. Első felesége egyébként 2010 márciusában hunyt el.
Második alkalommal 1965-ben nősült, alig egy évvel az első feleségétől való válás után. Első unokatestvérét vette el, három gyerekük született: Álvaro Vargas Llosa író és szerkesztő, Gonzalo üzletember, Morgana fotós lett.
Mario Vargas Llosa 1996 óta a Spanyol Királyi Akadémia tagja. 2010-ben irodalmi Nobel-díjat kapott. Az indoklás szerint Vargas Llosa a „hatalmi berendezkedések feltérképezéséért és az egyén ellenállását, lázadását, alulmaradását bemutató erőteljes ábrázolásmódért” érdemelte ki a díjat.