Clodia halála óta mindennek undorító szaga és émelyítő íze lett. Ráadásul a rothadás és az iszapíz saját belsőjéből fakad – állapította meg Laurentius. Tartuban vagyunk, egy észtországi egyetemi városban és kulturális központban. Laurentius Hylas késve érkezik egyetemére. A Leideni Egyetemről, tanulmányainak korábbi helyszínéről, az egyetem szellemiségével ütköző eszméi miatt eltanácsolták. Laurentius újdonsult iskolájában ösztöndíjat szerzett, ám keresztapja hathatós anyagi támogatása nélkül képtelen lenne megfelelni a pénzbeli szükségletek támasztotta kihívásoknak. Tallinig hajóval utazott, onnan szekérrel, Clodia nevű papagája és kalitkája társaságában. Erőteljesen ragaszkodik kalitkájához, szorosan szívéhez nőtt a több mint tíz éves papagája. Clodia elpusztul, kalitkáját egy koldus lopja el. A koldussal történő különös találkozás még különösebb történeteket szül az elbeszélés során: Laurentius szeme láttára ütik agyon a koldust, majd a holttestét az egyetem előadótermében berendezett anatómiai teátrumban boncolják. Bármily meglepő, koponyametszés közben az anatómiai test magához tér, tetszhalálából felül és két kézzel fejéhez kap. Below professzor könnyeden reagál a történtekre, meglátásában ez megszokott jelenség és erőteljesen orvosi dilettantizmusra utal.
A szerző napokra tagolva bontja ki a Méhek cselekményét, a történet egy hétfőtől péntekig tartó időszakot foglal magába. Néhol az az olvasó érzése, hogy túlságosan az események közepébe vág Friedenthal, aztán pedig úgy tűnik, a történet befejezetlen maradt, éppen a keretbe foglalt időintervallum miatt. Alapvetően két síkon pörög a történet: egyrészt Laurentius cselekedeteinek szintjén, másrészt a főszereplő gondolatvilágában. Itt ismét elkülönül a valós tudatiság, a lázas betegségből adódó hallucinációk szintje, és az álmok világa, melyekben maga a főszereplő a narrátor. Minden fejezet már-már kötelezően visszatérő elemei a szürkeség, az eső, a sár, a nedvesség, a “keserű és bánatos” szagok, a melankólia. Laurentiust gyakran gyötörték lidérces álmok, melyek minduntalan olyan helyekre kalauzolták, ahonnan menekülnie kellett. Meggyőződésében az álmok véletlenszerű gondolatok csupán, az agyban megragadt emlékek. Egyik álmában boszorkánynak kiált ki egy nőt, ujjal mutogat rá. „Ezeket a férfiakat és nőket az én vádjaim miatt ölték meg. Felvonszolták őket a domboldalba és lecsapták a fejüket, vérük a domboldal sarába olvadt. És mindezt álmomban végig kellett néznem, a testeket és fejeket tűzbe vetették, a rőzse közé” – mondja.
A cselekmény a XVII. század végén zajlik, amikor mindent átitat a melankólia, kíméletlen éhínség zajlik, a társadalom legalsóbb szintjein lévők a város kapuin kívül, a fertőben élnek. A század elején Arisztotelész nagy tiszteletnek örvendett, a század végére azonban jelentősen csorbult megítélése. A regény cselekményének időpontján kezdik beépíteni a newtoni elméleteket a tanmenetbe. A mindennapokban átütő rendeltetést kapnak az okkultista tanok, a különféle áltudományok, a boszorkányság, kiemelt szerepet játszanak a kuruzslók. Laurentiust erős láz gyötri, hallucinációi és lidérces álmai vannak.
Tanára javaslatára érvágásra szánja el magát, azt azonban a kedvezőtlen Mars-állásra hivatkozva nem vállalja a borbély. Inkább a katarzist nyújtó beöntést ajánlja. A diák önmagán vág eret, így próbálván megszabadulni az őszi melankólia és a láz okozta feszültségtől. Robert Boyle elmélete szerint, ugyanis, „minden betegség részecskéi a vérben találhatók”. Ezekből, ha egy kisebb mennyiséget eltávolítunk – érvágás révén -, akkor a test könnyebben megbirkózik a megmaradt részecskékkel. Ha az ember lelkében túl sok a melankólia, képes egy ideig magában tartani, állítja Laurentius, de egy idő után előszivárog, elkezdi kibocsátani magából. Ez pedig hasonlóképpen zajlik a mérgezett méh esetében is, akik kintről fertőzést hozva, az egész rajt megfertőzik.
A mű címének magyarázata egy Platónról szóló diskurzusból sejlik ki. A filozófust idéző diákok vitájából kiderül: a méhekhez hasonlóan erényeink is megszámlálhatatlanok. „Platón azt mondja, hogy a derék életet élő emberek lelke a méhekben születik meg. Olyanok ők, mint a méhek.” Ahogyan tömegük ellenére a méhek is egyetlen ideát testesítenek meg, a méh ideáját, úgy erény is csak egyetlen létezik.
Meelis Friedenthal minduntalan lenyűgöző lexikai tudásáról tesz tanúbizonyságot, de kiválóan érti és ismeri az emberi lelket, és annak minden síkját is. Ezek révén vezeti végig főszereplőjét a jól kidolgozott történeten. Laurentius szintén ismeri a lélek nyelvét, tudja, hogy a „lelket kívülről kapjuk, és állandóan kijár belőlünk, mint a lélegzet, mint a méhek a kaptárból.”